那他霉素作为广谱抗真菌滴眼液，是治疗真菌性角膜炎的首选药物，但其副作用需通过规范用药与及时干预控制。
用药后10%-15%患者出现眼痛、异物感、灼烧感，多与药物pH值（约5.5）对角膜上皮的短暂刺激相关，症状通常在30分钟内缓解。若持续超1小时，需警惕角膜上皮损伤，需立即停药并检测角膜荧光素染色。过敏反应以结膜水肿、眼睑红斑多见，发生率约3%-5%，严重者可伴喉头水肿，需立即停用并注射肾上腺素。
长期使用（>3周）可能破坏眼表菌群平衡，导致耐药菌株滋生，研究显示此类患者继发铜绿假单胞菌感染的风险增加2.3倍。用药期间需每日行裂隙灯检查，若出现前房积脓或角膜溃疡扩大，需联合头孢他啶（50mg/ml）冲洗结膜囊。
儿童因泪液分泌旺盛，药物清除率较成人高40%，建议每1小时点药1次，夜间使用眼膏维持浓度。孕妇用药需权衡利弊，动物实验显示那他霉素可透过胎盘屏障，但人类致畸率尚无明确数据，建议妊娠前3个月避免使用。
轻度刺激可通过冷藏滴眼液（4℃）降低药物活性，或联合人工泪液（0.3%玻璃酸钠）稀释浓度。出现过敏时，先用生理盐水冲洗结膜囊，再局部涂抹氟米龙滴眼液（0.1%，每日4次），72小时内症状未缓解需转诊角膜专科。肝功能异常患者需监测血清转氨酶，若ALT超过3倍ULN，需换用伏立康唑口服制剂。
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